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在2009年度国家科学技术奖励大会上，中央企业总共获奖104项，其中中国航天科技集团公司高级技术顾问孙家栋获得国家最高科学技术奖；获得国家技术发明二等奖10项；获得国家科技进步特等奖3项；获得国家科技进步一等奖9项；获得国家科技进步二等奖81项。在获奖目录中，共有41家中央企业获奖，其中，中国石化有11项科技成果获奖，是中央企业中获奖数量最多的企业；中国石油有10项成果获奖，位居第二位；国家电网获奖8项；宝钢、武钢、中煤科工分别获奖5项；中国钢研获奖4项；国机集团、中国南车和国投分别获奖3项；此外，鞍钢、神华集团、中国中铁、中交集团、西电集团、中冶集团、中煤集团、水电顾问、有研总院等也分别获得2项国家科技奖励。
随着科技创新资源不断向企业集聚，中央企业在科技创新过程中逐步发挥主导作用，创新主体地位进一步确立。在中央企业获得的79个奖项中，独立或主导完成的共41项，占51.9%。其中在获得的10项国家技术发明奖中，6项为主导或独立完成，比例为60%；获得的69项国家科技进步奖中，35项为独立或主导完成，比例为50.7%。在中央企业独立或主导完成的41个奖项中，中国石化获得6项，中国石油获得5项，国家电网和宝钢分别获得3项，武钢也获得2项。同时，中央企业之间、中央企业与科研院所和高校之间积极开展产学研合作，注重发挥产业链上下游企业的积极性，效果明显。中央企业所获79个奖项中，58个为中央企业与其他企业、高校、科研院所共同完成，占73.4%。
在获奖目录中，创新型（试点）企业获奖比重很高。41家中央企业获得的97个奖次中，创新型（试点）企业32家，占获奖企业总数的78%，共获83个奖次，占总奖励数量的85.6%。此外，中央企业在新兴战略性行业也积极开展前期研发和技术储备，取得了可喜成果，包括在新材料领域获得“高性能造船用钢制造技术创新与集成”等2项国家科技进步二等奖；在节能环保和电动汽车领域获得包括“混合动力城市客车节能减排关键技术”在内的4项国家科技进步二等奖；在信息产业方面获得“城域网多业务环技术方法”等2项国家技术发明二等奖和“移动通讯用滤波器关键技术及产业化”等8项国家科技进步二等奖。
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